尽管母体免疫因子和自闭症之间存在联系，但是孕期接受常规疫苗接种并不会增加孩子患自闭症的风险，比如流感疫苗、百日咳疫苗。儿童疫苗与自闭症毫无关联，这一点勿庸置疑。之前“疫苗导致自闭症”的研究数据不实，已经被撤回，没有可靠的证据支持疫苗会导致自闭症。
科学家们还排除了怀孕期间吸烟导致自闭症的责任。当然，有很多其他的原因证明怀孕期间吸烟有害的。
科学家们正试图界定自闭症的环境风险因素，以便找到降低自闭症风险的方法。但是，有强力证据的环境因素， 往往并不容易改变。
一些研究表明，怀孕期间补充维生素D、维生素B-9或叶酸，可以降低婴儿患自闭症的风险，但证据并不确定。
新的统计技术正在帮助科学家解决混淆因素，并从流行病学研究中得出更有力的结论。动物研究为特定因素增加或减少自闭症风险的机制提供了证据。科学家们还在做其他一些研究，比如在环境对儿童健康的影响和自闭症的早期标志物这两个研究中，科学家在儿童出生前，就开始跟踪儿童所处的环境和风险因素。